A XVI. században, bár János és Ferdinánd, majd utódaik harca és az ezzel járó sok magánháború rengeteg szenvedést hozott, azért a magyarság számára az igazi ellenség a török. Ebben a felfogásban hoz döntő változást Bocskai szabadságharca. Az a tapasztalat, hogy az idegen és katolikus királlyal szemben a századelőn döntően protestáns magyar rendek szabadsága a töröktől függésben levő Erdélyre támaszkodva biztosítható, meghatározza a XVII. század első felének történelmét. 1608-ban a Bocskai-felkelést lezáró bécsi béke végrehajtása körüli zavarok megszűnnek. A királyság segítségével Mátyás főherceg megfosztja trónjától Rudolfot, a rendek pedig a béke pontjainak becikkelyezésével megerősítik kiváltságaikat. Erdélyben is uralomváltás történik: a XVI. század ragyogó nemzetségének, a Báthoryakénak utolsó fejedelmi sarja veszi át az uralmat Rákóczi Zsigmondtól - hogy aztán ennek utódait válasszák majd negyedízig Erdély fejedelmévé a következő száz évben.